Evolutionary genomics of the emergence of brown algae as key components of coastal ecosystems - Fédération de recherche de Roscoff
Article Dans Une Revue Cell Année : 2024

Evolutionary genomics of the emergence of brown algae as key components of coastal ecosystems

France Denoeud (1) , Olivier Godfroy (2) , Corinne Cruaud (1) , Svenja Heesch (3, 2) , Zofia Nehr (3) , Nachida Tadrent (4) , Arnaud Couloux (5, 6) , Loraine Brillet-Guéguen (2) , Ludovic Delage (2) , Dean Mckeown , Taizo Motomura (7) , Duncan Sussfeld , Xiao Fan (8, 9) , Lisa Mazéas (2) , Nicolas Terrapon (10) , Josué Barrera-Redondo , Romy Petroll (11) , Lauric Reynes (12, 13) , Seok-Wan Choi , Jihoon Jo , Kavitha Uthanumallian , Kenny Bogaert , Céline Duc (14) , Pélagie Ratchinski , Agnieszka Lipinska , Benjamin Noel (1) , Eleanor Murphy , Martin Lohr , Ananya Khatei , Pauline Hamon-Giraud (15) , Christophe Vieira , Komlan Avia , Svea Sanja Akerfors , Shingo Akita , Yacine Badis , Tristan Barbeyron (2) , Arnaud Belcour (15) , Wahiba Berrabah , Samuel Blanquart (15) , Ahlem Bouguerba-Collin (2) , Trevor Bringloe , Rose Ann Cattolico , Alexandre Cormier (16) , Helena Cruz de Carvalho (17) , Romain Dallet (18) , Olivier de Clerck , Ahmed Debit (17) , Erwan Denis (2) , Christophe Destombe (19) , Erica Dinatale , Simon Dittami (2) , Elodie Drula , Sylvain Faugeron , Jeanne Got , Louis Graf , Agnès Groisillier , Marie-Laure Guillemin , Lars Harms , William John Hatchett , Bernard Henrissat , Galice Hoarau , Chloé Jollivet , Alexander Jueterbock , Ehsan Kayal , Andrew Knoll , Kazuhiro Kogame , Arthur Le Bars , Catherine Leblanc , Line Le Gall , Ronja Ley , Xi Liu , Steven Loduca , Pascal Jean Lopez , Philippe Lopez , Eric Manirakiza , Karine Massau , Stéphane Mauger , Laetitia Mest , Gurvan Michel , Catia Monteiro , Chikako Nagasato , Delphine Nègre , Eric Pelletier , Naomi Phillips , Philippe Potin , Stefan Rensing , Ellyn Rousselot , Sylvie Rousvoal , Declan Schroeder , Delphine Scornet , Anne Siegel , Leila Tirichine , Thierry Tonon , Klaus Valentin , Heroen Verbruggen , Florian Weinberger , Glen Wheeler , Hiroshi Kawai , Akira Peters , Hwan Su Yoon , Cécile Hervé , Naihao Ye , Eric Bapteste , Myriam Valero , Gabriel Markov , Erwan Corre , Susana Coelho , Patrick Wincker , Jean-Marc Aury , J. Mark Cock (20, 3, 2, 21)
Dean Mckeown
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Duncan Sussfeld
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Josué Barrera-Redondo
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Seok-Wan Choi
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Jihoon Jo
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Kavitha Uthanumallian
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Kenny Bogaert
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Pélagie Ratchinski
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Agnieszka Lipinska
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Eleanor Murphy
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Martin Lohr
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Ananya Khatei
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Christophe Vieira
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Komlan Avia
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Svea Sanja Akerfors
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Shingo Akita
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Yacine Badis
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Wahiba Berrabah
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Trevor Bringloe
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Rose Ann Cattolico
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Olivier de Clerck
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Erica Dinatale
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Elodie Drula
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Sylvain Faugeron
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Jeanne Got
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Louis Graf
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Agnès Groisillier
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Marie-Laure Guillemin
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Lars Harms
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William John Hatchett
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Bernard Henrissat
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Galice Hoarau
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Chloé Jollivet
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Alexander Jueterbock
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Ehsan Kayal
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Andrew Knoll
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Kazuhiro Kogame
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Arthur Le Bars
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Catherine Leblanc
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Line Le Gall
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Ronja Ley
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Xi Liu
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Steven Loduca
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Pascal Jean Lopez
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Philippe Lopez
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Eric Manirakiza
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Karine Massau
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Stéphane Mauger
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Laetitia Mest
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Gurvan Michel
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Catia Monteiro
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Chikako Nagasato
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Delphine Nègre
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Akira Peters
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Hwan Su Yoon
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Cécile Hervé
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Naihao Ye
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Eric Bapteste
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Myriam Valero
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Gabriel Markov
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Erwan Corre
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Susana Coelho
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Patrick Wincker
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Jean-Marc Aury
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Résumé

Brown seaweeds are keystone species of coastal ecosystems, often forming extensive underwater forests, and are under considerable threat from climate change. In this study, analysis of multiple genomes has provided insights across the entire evolutionary history of this lineage, from initial emergence, through later diversification of the brown algal orders, down to microevolutionary events at the genus level. Emergence of the brown algal lineage was associated with a marked gain of new orthologous gene families, enhanced protein domain rearrangement, increased horizontal gene transfer events, and the acquisition of novel signaling molecules and key metabolic pathways, the latter notably related to biosynthesis of the alginate-based extracellular matrix, and halogen and phlorotannin biosynthesis. We show that brown algal genome diversification is tightly linked to phenotypic divergence, including changes in life cycle strategy and zoid flagellar structure. The study also showed that integration of large viral genomes has had a significant impact on brown algal genome content throughout the emergence of the lineage.
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hal-04794231 , version 1 (20-11-2024)

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Citer

France Denoeud, Olivier Godfroy, Corinne Cruaud, Svenja Heesch, Zofia Nehr, et al.. Evolutionary genomics of the emergence of brown algae as key components of coastal ecosystems. Cell, In press, ⟨10.1016/j.cell.2024.10.049⟩. ⟨hal-04794231⟩
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